元宗室四大王初遁入静乐岢岚山中，结寨自固。至是，率众寇武州，太原指挥程桂等击败之。追至龙尾庄，四大王遁走，获其三大王脱忽的帖木儿送京师。
乙酉，左副将军邓愈招谕吐番，元陕西行省吐番宣慰使何锁南普诣军门降，镇西武靖王卜纳刺亦以吐番诸部来降。追元豫王至西黄河，抵黑松林，杀阿撒秃干。于是河州以西，甘朵、乌思藏等部皆来归，征哨极甘肃西北数千里始还。九月，命指挥韦正守河州。正初至河州，城邑空虚，人骨山积，将士见之，咸欲弃去。正语之曰：“正受命率公等出镇边陲，当不避艰险，报国恩。今既至此，无故弃去，一旦遂生戎心，其谁御之？吾与若等死亡无地，妻孥不得相保，毋宁死于王事乎！”于是众感激如命。正日夜抚循军民，河州遂为乐土。
冬十一月壬辰，大将军徐达、左副将军李文忠等还至龙江，车驾出劳于江上。四年春正月，命魏国公徐达往北平训练军士，缮治城池，给守边将士衣。
二月甲戌，元辽阳守将平章刘益降。先是，遣断事黄俦诏谕辽阳诸处官民帅众归附，益遂以辽东州郡地图并籍兵马钱粮之数，遣右丞董遵、佥院杨贤奉表来降。诏置辽东卫指挥使司，以益为指挥同知。未几，元平章洪保保、马彦共谋杀益。张良佐、房复擒彦杀之，保保走纳哈出营，辽东之众因推良佐、权卫事。至是，良佐以闻，并遣使贡马，上元所授印章、宣敕、金牌，献贼杀刘益逆党，仍上其事于中书省曰：“本卫地方辽远，僻处海隅。肘腋之间，皆为敌境。元平章高家奴固守辽阳山寨，知院哈刺张屯驻沈阳古城。开元则有丞相也速之兵，金山则有太尉纳哈出之众，彼此相依，互为声援。今洪保保逃往其营，必有构兵之衅。乞留断事吴立镇抚军民，先将逆党八丹、知院僧儿械送京师。”诏以良佐、为辽东卫指挥佥事。
魏国公徐达徙北平山后之民三万五千八百户散处卫府，籍为军者给衣食，籍为民者给田以耕，凡已降而内徙者三万四千五十六户。寻命达自北平往山西操练士马。
秋七月，辽东卫奏元纳哈出据金山为边患，遣黄俦赍书谕之曰：“比者元纲解纽，红巾起于汝、颍，群盗扁于中原，僭名号者继出。小明王称帝于亳，徐真一称帝于蕲，陈友谅称帝于九江，张士诚称王于姑苏，明玉珍称帝于西蜀。拥兵数万，割据中原，垂二十年。朕本淮民，为群雄所逼，集众渡江，与将军会于太平，比待他俘，特加礼遇。且知将军为名家，特释北归，今又十七年矣。朕见群雄无成，遣兵四出，北平中原，南定闽、粤，东取方氏，西收巴蜀，四帝一王，皆为俘馘，元君奔亡，华夏悉定，此天命非人力也。近闻将军居金山，大张威令。吾兵亦守辽左，与将军旌旗相望。将军若能遣使通问贡献，姑容就彼顺其水草，自守一方。不然，大厦将倾，非一木可支，衅之后先，惟将军自思之。”俦至金山，纳哈出拘留不还。
置辽东都指挥使司，以马云、叶旺为都指挥使，吴泉、冯祥为同知，王德为佥事，总辖辽东诸卫军马。上以刘益之变，纳哈出未附，特命云等镇之。云等由登莱渡海，驻兵金州，招降元参政叶廷秀，攻走平章高家奴，遂进至辽东，完城缮兵，一方遂安。命靖海侯吴祯帅舟师运饷辽东。
淮安侯华云龙统兵至云州，谍知元平章僧家奴营于牙头，夜遣精兵袭之，突入其营，擒僧家奴，尽俘其众，获驼马四百余匹。进至上都大石岸，攻破刘学士寨，击败驴儿国公于高州武平，悉众北奔。又遣指挥孙恭等帅兵口北，招谕惠王伯都不花、储王伯颜不花、宗王子蛮伯帖木儿等。冬十二月丙戌，遣人送伯都不花等至京，上命赐第宅、袭衣、什器等物，仍月给钱米有差。
五年春正月乙丑，诏赐魏国公徐达、曹国公李文忠、宋国公冯胜交趾弓五十、彤弓百。庚午，命达为征虏大将军，出中路，文忠为左副将军，出东路，胜为右副将军，出西路，三道并进，以清沙漠。中路由雁门趋和林，东路由居庸出应昌，西路由金兰趋甘肃。
三月，徐达抵山西境，都督蓝玉为前锋，败保保游骑于野马川。丁卯，复败保保于土刺河，保保遁，与贺宗哲合，而拒我师于岭北。时师数发，■而心轻敌，骤与之战，不利，死者万余人。达固垒而救之，故彻侯功臣无死者，保保亦不敢入塞。偏将军汤和遇别部于断头山，亦败。
冯胜师次兰州，傅友德率骁骑五千为前锋，直趋西凉，遇元沙实罕兵，击败之。追至永昌，又败元太尉朵儿只巴于忽刺罕口，大获其辎重牛马。进至扫林山，胜等师亦至，共击元兵，走之。友德手射死其平章卜花，追斩四百余人，降太尉锁纳儿加、平章管著等。
夏六月戊寅，元将上都驴知大军至，率所部吏民八百三十余户迎降。胜抚辑其民，留兵守之。进至亦集乃路，守将卜颜帖木儿全城降。师至别驾山，元岐王朵儿只班遁去，追获其平章长家奴等二十七人及马驼牛羊十余万。友德复引兵至瓜沙州，又败其兵，获金银印、马驼牛羊二万而还。
李文忠率都督何文辉等兵至口温，敌闻之，夜弃营遁，获其牛马辎重无算。遂进至合刺莽来，敌部落惊溃。复进至胪朐河，文忠下令曰：“兵贵神速，千里袭人，难以负重。”乃留辎重胪朐河，令部将韩政等守之，士卒人持二十日粮，兼程而进。至土刺河，元太师合刺章蛮子悉众渡河，留其妻子北向，而严骑以待。文忠督兵力战，战数合，敌稍却。复进至阿鲁浑河，敌兵益众，搏战不已。文忠马中流矢，急下马持短兵接战。从者刘义直前奋击，以身蔽文忠。指挥李荣见事急，以所乘马授文忠，自夺敌骑乘之。文忠得马，气益厉，据鞍横槊，麾众更进。于是士卒鼓勇，皆殊死战，敌败走。逐北至骋海，敌兵益大集，文忠乃勒兵据险自固，而多张疑兵，纵所获马畜于野，示以闲暇。居三日，敌疑有伏，不敢逼，稍稍引去，文忠亦解而归。迷失道，至桑哥儿麻，乏水，渴死者甚众，文忠患之。忽所乘马跑地长鸣，泉水涌出，士马赖以俱济。是役也，顾时与文忠分道入沙漠，粮且尽，遇元兵，士卒疲乏不能战。时奋勇独引麾下数百人，跃马大呼，击败之，掠其辎重牛马还，军复大振。曹良臣至阿鲁浑河，孤军深入，败没，骁骑卫指挥使周显、振武卫指挥同知常荣、神策卫指挥使张耀俱死焉。秋七月乙未，文忠以所获故元官属子孙及军士家属一千八百四十余人送至京师。
九月丁巳，吴祯遣送辽东元平章高家奴，知枢密院高大方，同佥高世举、张海马，辽阳路总管高赋等至京师。冬十一月壬申，命赏甘肃京卫军士。时冯胜等以匿所获马骡牛
羊不赏，上曰：“祭遵为将，忧国奉公，曹彬平江南，所载惟图书。汝等当法古人，省躬以补过。”诸将叩头谢。十二月壬寅，遣使赍书与元幼主。又与元臣刘仲德、朱彦德书
曰：“人臣致身于君，贵有终始。至正之君，蒙尘而崩，幼主初立，朝之大臣无不叛去，独二生竭力事之，诚可嘉尚。今特遣使者谕君数事，且令取其子买的里八刺拉归。二生宜察之，母教人以倔强绝父子之道，尔君宗祀不绝，二生家族亦可长保。如其不然，六军出讨，旌旗蔽塞于阴山，二生身膏草野，固奇男子事也，或不能徇国，偷生免死，何面目与朕相见！惟熟虑之。”
六年春正月壬子，命魏国公徐达、曹国公李文忠往山西、北平练兵防边。夏四月，华云龙奏上诸关防守事宜：“东自永平、蓟州、密云西至五灰岭外隘口，通一百二十一处，相去约二千二百里。其王平口
至官坐岭关隘有九，约去五百余里，俱冲要之地，并宜设兵守之。紫荆关及芦花山岭尤为要路，宜设千户所御守。”从之。六月甲申，武、朔等州边警。时大将军徐达驻师临清，报至，
遣临江侯陈德、巩昌侯郭兴将兵击之。秋八月丙子，河州土门峡边警，千户王才战死。陈德、郭兴兵至达答刺海子口遇敌骑，击败之，生擒其同佥实
都等，斩首六百级，获驼马牛羊千头，余众溃去。冬十月，凉州屡有边患，都指挥宋晟率兵讨之，追至亦集之地，斩其渠帅也速儿，杀获甚众，又招降其国公吴把都等。
十一月壬子，徐达等击元兵于怀柔三角村，擒其平章康同佥。李文忠出朔州，擒元太尉伯颜不花。七年春正月，曹国公李文忠败敌于白登，俘其国公孛罗帖木儿。
文忠驻代县，遣将各出，擒平章陈安礼、木厝飞于三不刺，斩其将珍珠骡于顺宁阳门。二月癸亥，临江侯陈德获鞑靼秃鲁迷失等九十七人于会宁诸处，
六安侯王志获鞑靼一百余人于朔州诸处，俱送京。三月丁卯，敕大将军徐达分布六安侯王志、南雄侯赵庸驻山西，荣阳侯杨、汝南侯梅思祖驻北平屯种。达与李文忠、冯胜还京师。
乙亥，兰州八里麻民郭买的叛，诱番兵入寇，诏立赏格购捕之。兰州卫遣其兄着沙与其弟火石歹往招之，郭买的不从，着沙、火石歹夜斩其首以归。事闻，上曰：“买的罪固当死，然为兄弟者，告之不从，执之而已，手自刃之，有乖大伦，若赏之，非所以令天下也。但以所获牛马给之。”
夏四月己亥，都督佥事蓝玉率兵攻兴和，元将脱因帖木儿弃城走。丙辰，命宋国公冯胜、卫国公邓愈、中山侯汤和、巩昌侯郭兴复镇北边。戊午，都督佥事金朝兴等获元太尉卢伯颜不花、平章帖木儿不花等于黑城子等处。河南都指挥使缪道获元参政等官于圣山儿等处而还。
秋七月，曹国公李文忠督兵攻大宁高州火石崖，克之，斩元宗王朵朵失里，擒承旨百家奴。八月丙辰，追击之于丰州，擒其帅十二人，部众百余人，马驼牛羊万计。鲁王败走，追斩之，获其妃蒙哥及其印，并斩其司徒答俊海、平章把都、知院忽都等。
九月丁丑，遣崇礼侯买的里八刺北还。上谓廷臣曰：“崇礼侯买的里八刺南来五载，能无父母乡土之情！”于是厚礼而归之，选老成宦者二人送行。复遗其父爱猷识理达腊织文金绮锦衣各一袭。辞行，上谕之曰：“尔本元君子孙，国亡就俘。曩即欲遣归，以尔年幼，道里辽远，恐不能达。今既长成，朕不忍令尔久客于此，故特遣归，见尔父母，以全骨肉之恩。”又谕二宦者曰：“此尔君之嗣也，不幸至此，长途跋涉，尔善视之。”因遗书谕元主爱猷识理达腊。